Odpowiedzialność za DK spoczywa na Diakonii Domowego Kościoła (DDK), która na poszczególnych szczeblach struktury (kręgu, rejonu, diecezji, filii, kraju) podejmuje posługę na rzecz zachowania charyzmatu i jedności DK oraz odpowiada za formację. Małżeństwa są odpowiedzialne za sprawy organizacyjne i pracę duchową. Parom odpowiedzialnym niezbędna jest jednak zawsze pomoc księży moderatorów, którzy pełnią ważną rolę doradców duchowych. Księża moderatorzy DK gwarantują wierność nauce Kościoła oraz łączność z Kościołem hierarchicznym.

Krąg jest podstawową strukturą DK. Diakonię w kręgu stanowi jedno z należących do niego małżeństw, zwane parą animatorską, którą doktrynalnie i duchowo wspomaga ksiądz moderator. Kręgi rodzin, które nie dochowują wierności formacji duchowej DK tracą prawo do nazywania się kręgami DK.

Domowy Kościół w diecezji może być podzielony na rejony. Rejon obejmuje do 25 kręgów w tej samej lub sąsiadujących parafiach. Za pracę w rejonie jest odpowiedzialna para rejonowa, która zazwyczaj prosi o opiekę duchową jednego z księży moderatorów jakiegoś kręgu. Para rejonowa, ksiądz moderator, pary animatorskie kręgów i pary łącznikowe (o ile są powołane) tworzą krąg rejonowy. Para łącznikowa powoływana jest przez parę rejonową i sprawuje opiekę nad 3-5 kręgami podstawowymi.

Za DK w diecezji odpowiada para diecezjalna, której doradcą duchowym jest ksiądz moderator diecezjalny DK. Wspólnie z parami rejonowymi tworzą oni krąg diecezjalny. Krąg ten może być poszerzony o małżeństwa reprezentujące diakonie specjalistyczne. 

Aktualnie posługę pełnią:

• Para Diecezjalna: Barbara i Bohdan Mroczko tel: 669 091 234
• Para Rejonowa - Rejon Starosielce: Bożena i Robert Hołubowicz tel: 509 224 066
• Para Rejonowa - Rejon Dziesięciny: Edyta i Jacek Łupińscy tel: 793 322 727 
• Para Rejonowa - Rejon Śródmieście: Anna i Marek Dąbrowscy tel: 691 723 311 
• Para Rejonowa - Rejon Dojlidy - Nowe Miasto: Beata i Adam Drewnowscy tel: 603 528 080 
• Para Rejonowa - Rejon Sokółka: Edyta i Szymon Siemiaszko tel: 691 402 041

Para filialna koordynuje pracę par i moderatorów diecezjalnych DK kilku sąsiednich diecezji, które tworzą filię Ruchu Światło-Życie.

Za DK na szczeblu krajowym odpowiada para krajowa, której doradcą duchowym jest ksiądz moderator krajowy DK. Para krajowa wraz z ks. moderatorem DK, parami filialnymi, parami pełniącymi określone posługi zlecone przez parę krajową oraz osobami delegowanymi przez Instytut Niepokalanej Matki Kościoła (INMK) tworzą krąg centralny DK. Krąg ten stanowi Centralną Diakonię DK. Osoby z INMK pełnią na rzecz DK przede wszystkim następujące posługi:
– współpracują z parą krajową i ks. moderatorem krajowym DK,
– pomagają organizować i prowadzić rekolekcje oraz spotkania
centralne DK,
– prowadzą Sekretariat i Archiwum DK,
– administrują Centralnym Domem Rekolekcyjnym DK
w Krościenku.